不同污染物应采用不同的清洗药剂。污染发生时通常不是只有一种污染物，因此常规化学清洗需要包括高pH值清洗和低pH值清洗 两大步骤。选用哪个清洗剂进行化学清洗，可以按以下方法判断：

 按反渗透进水水质判断：

    进行全系统膜元件清洗之前，可以从系统中取出一、两支膜元件，通过进行清洗试验，选择最佳的清洗药品。

    一般来说，应先采用高pH清洗液清洗油类和微生物污染，然后采用低pH清洗液清洗无机垢类或金属氧化物污染。有时也先酸洗后碱洗，或者只采用一种药剂清洗，例如地下水源的铁污染，采用简单的低pH清洗即可。有时清洗液中加入洗涤剂以便去除微生物和有机污染物；有些加入螯合剂如EDTA，以便更好地去除胶体、有机物、微生物和硫酸盐垢。如果选择清洗剂不当，或清洗顺序不当，可能会使污染恶化。